崇祯十五年六月，朝廷提升吕大器进京任职，他见朝政日非，天下纷乱，极力推辞。他向皇上提出的辞职理由竟是“本人嗜酒好色贪财，不堪重用”。直到第二年三月，朝廷一再催促，他才勉强到任。不久即改任南京兵部右侍郎兼管礼部事。
崇祯十七年四月，北都陷落的消息传到江南，南京大臣商议拥立新君，吕大器支持钱谦益，周镳，雷演祚的意见，力挺潞王，与张慎言，姜曰广一道修书史可法，言福王朱由崧有“七不可立”。
但大太监韩赞周受凤阳总督马士英的委托，在朝堂召集群臣拥立福王，掌管着兵部，礼部两方大印的吕大器故意姗姗来迟，并拒绝在效忠福王的誓词上签字盖印。
因有马士英和江北四将的军队支持，福王朱由崧最终还是当上了皇帝。于是马士英，刘孔昭，韩赞周，李沾等“拥福派”获得了朱由崧的信任，而吕大器则转任吏部左侍郎，显然没有得到重用和提升。
定策问题是东林党人的弱点和软肋。
由于定策问题，吕大器等东林党人处于一种极为尴尬的境地，虽然弘光帝朱由崧待人谦和，从未出言责难，但东林党人立身朝堂，却再也难以做到坦然自若，理直气壮了。吕大器恨透了“搅屎棍”马士英，但犹如哑巴吃黄连，却有苦说不出。
有马士英在背后撑腰，四品小官李沾也神气起来，他不满意吏部尚书张慎言起用人事干部王重，竟迁怒于吕大器，多次找碴子欺辱，这让性格暴烈的吕大器肚皮都快气爆了。
如今，吕大器眼见这伙奸邪小人挤走了史可法，挤走了张慎言，挤走了路振飞，现在又举荐阉党分子阮大铖，看来逆案中人一个个都将被起用，东林党人快没有活路了。
忍气吞声多日的吕大器终于忍无可忍，他干脆孤注一掷豁出去了，用了一个晚上的时间，奋笔疾书，写出一篇义正辞严，火药味十足的奏疏，呈送给弘光帝。
这篇奏疏的名字叫做《劾马士英卖官鬻爵疏》，内容那是相当的给力：
“近年来温体仁，周延儒把持朝政，造成国家如此危难的局面，幸有陛下您临危受命，中兴大明，一时豪杰云集，人人振奋，不料马士英浊乱朝政，颠倒黑白，竟然祸害国家。马士英不就是当年挪用公款，贪赃行贿被定罪充军的宣府巡抚吗？后来是谁不长眼起用他当上了凤阳总督呢？《逆案》一书，是先帝钦定的，而马士英竟悍然不顾，硬要掀翻，他眼里哪有先帝，更别说陛下了！
“请问马士英有何功劳？竟敢私离汛地，拥兵入朝，入阁拜相，封妻荫子。他的儿子乳臭未干，就堂而皇之授任都督，他的亲信田仰从没带兵打过仗，却派往淮扬担任巡抚，独当一面，他的亲戚杨文骢，越其杰也都是先帝年代的罪臣，今天都攀援马士英的关系走上了领导岗位。马士英卖官鬻爵，结党营私，到了何等猖狂的地步啊！”
弘光帝朱由崧看过奏疏，并没有动怒，他对吕大器本无好感，因此只说了声“朕知道了，希望众大臣和衷共济，体察朕心”，就没了下文。
可马士英得知了《劾马士英卖官鬻爵疏》的内容，却惊出一身冷汗，因为吕大器揭发的种种不法行为，都是和尚头上的虱子，明摆着，无法抵赖。
这篇奏疏算是戳到了马士英的痛处，马士英远远望见吕大器，就气得直喘粗气。吕大器，算你狠，一旦让我抓住机会，绝不轻饶你！
可马士英的气还没喘匀和，一件让他更加吃惊的事情发生了。吏部左侍郎吕大器只是个小角色，一个比吕大器更加凶猛的重量级人物登场了。
未见其人，先闻其声，这个人尚在千里之外的绍兴，很多人都已经嗅到了强烈刺鼻的火药味。
