侯方域赶紧跑出来一看，门外站着的原来是一位不是朋友的朋友杨文骢。
原江宁知县杨文骢不仅是阮胡子的密友，还是凤阳总督马士英的妹丈，他急急忙忙跑来告诉侯公子：
“大事不好啦！昨天阮大铖在清议堂放言，说公子你跟左良玉有旧，左良玉这次进兵南京，就是你勾引来的。马总督听信了阮大铖的谗言，正要派兵捉拿你呢。”
原来阮胡子对侯方域怀恨在心，时刻寻找机会报复，今天白天故意在“清议堂”制造流言，诬陷侯方域是左良玉的内应，打算借刀杀人，让马士英逮捕侯方域。幸亏杨文骢得到消息，所以连夜亲自赶来通知侯方域。
侯方域倒吸一口冷气，直到现在他才明白，由于以前的恩怨，阮大胡子不仅恨他，而且是恨之入骨，“必欲致之族灭而后快”，因为给左良玉做内应，就是一同叛乱，这可是诛灭九族的大罪啊。
侯方域惊骇地预言道：阮大铖已经变成了一个凶恶的魔鬼，他长久隐居民间还好，万一有一天得志上台，必将杀尽天下清流人士，以报复过去的积怨。（“长伏草莽则已，万一复得志，必至杀尽天下士以酬其宿所不快。”）
事不宜迟，他不敢再在南京逗留，留下一篇文笔犀利的书信《癸未去金陵日与阮光禄书》，对阮大铖的造谣污蔑痛加驳斥，然后收拾行装，行色匆匆离去。
他首先携家避难宜兴，躲藏在好朋友陈贞慧家中，两人好上加好，最终结成了儿女亲家。侯方域将年仅三岁的女儿许配给陈贞慧二岁的儿子陈维崧之弟陈宗石，后来陈宗石年满十三岁，因家境贫因就前往商丘入赘到侯家。当然这是后话。
第二年（1644），北京陷落，朱由崧在南京称帝，侯方域辗转来到扬州，投奔到督师大学士史可法麾下，曾一度担任过兴平伯高杰部队的监纪推官。
在史可法身边，侯方域做过的一件最知名的事情就是代替督师大人写过一封书信，即《大明国督师，兵部尚书兼东阁大学士史可法顿首谨启大清国摄政王多尔衮殿下书》，简称《复多尔衮书》。
这是中国古代史上最负盛名的信件之一。
