崇祯十五年（1642）六月的一天，一队骑兵风驰电掣般来到马士英的寓所，高声宣读圣旨：起用马士英为兵部右侍郎兼右佥都御使，总督凤阳。
喜出望外的马士英简直不相信自己的耳朵，一下子懵了。当他知道这一切都是铁哥们阮大铖背后为他打点办理的时候，眼眶湿润了。
大恩不言谢，我心中是有数的！
平心而论，出任凤阳总督的马士英还是有些军事才能的。他刚一出山，就平定了保定总兵官刘超发动的叛乱。
刘超本来是四川总兵，后因事被罢免，闯王李自成进攻开封时，刘超上书朝廷，愿意招募家乡的土寇前去救援，于是被起用为保定总兵官，率军开赴前线。
但接到谕旨的刘总兵又害怕了，不敢带兵去跟声势浩大的大顺军对阵，朝廷虽多次催促，他仍宿留家中不动，并且还因私人恩怨杀掉了御史魏景琦等三家人。保定巡抚王汉前来责问，刘超干脆连王巡抚也杀了，占据城池举兵造反。
凤阳总督马士英奉命前去征讨，连战皆捷，最后筑起长围将保定城重重围困。刘超原与马士英相识，势穷请降，马士英假意答应了。刘超出城相见，不肯解去佩刀。马士英笑笑说：“你既已归附朝廷了，还带佩刀干什么？”走过去亲自给他解了下来。
不久，马总督暗地里遣散刘超的亲信，找机会捆绑起刘超，向朝廷献俘。刘超就这样被糊里糊涂处死了。
随后，马士英率领手下两员大将黄得功，刘良佐又去进攻张献忠的农民军，获得潜山大捷，把大西军赶出江北。当时中原鼎沸，农民起义的烈火已成燎原之势，而南直隶省还能保持相对的繁荣和安定，这里面少不了马总督的一份功劳。
有了马士英这棵大树的遮挡，阮大铖明显又活跃起来。经马士英介绍，他结识了勋臣刘孔昭，太监韩赞周等人。要说阮胡子也真有本事，家里又有钱，时间不长，他跟刘孔昭，韩赞周就变成了莫逆之交。
唯一遗憾的是，阮胡子还不能出来做官，因为崇祯皇帝坚持逆案很坚决，马士英不敢，也没有机会举荐阮大铖。
老谋深算的阮胡子感到愤懑：既然仍要靠边站，那么借助马士英的势力，收拾几个曾经欺侮我的仇人，出出胸中这口恶气，也能痛快一些。
于是，他把矛头首先对准了正在走桃花运的复社公子侯方域。
