路振飞就是这样一位忠于职守的忠臣和能臣。
其实，在拥立朱由崧称帝问题上，路振飞从来不是力挺潞王的“立贤派”，他同马士英一样，铁杆支持福王朱由崧。区别只在于马士英擅长搞投机，而路振飞是真正的深明大义，坚持国本。
按说这样一个人，原不该成为马士英的眼中钉，可马士英偏偏就容不下路振飞，一定要让自己的亲信田仰顶替他，这其中的深意何在呢？
原来，大将高杰向南败逃的时候，时任凤阳总督的马士英想拉拢这股势力为己所用，就派遣属下前去迎接。可淮扬巡抚路振飞愣是阻止高杰不让他通行淮安，并义正词严的指出：大敌当前，武将应该出现在战争最前线，而不应躲进安全的大后方。高杰只得绕开淮安，取道徐州前往扬州。
对这件事情，高杰很气愤，马士英也不高兴。
五月十二日，马士英为争夺内阁之权，不待皇上同意就擅自率船队经淮河前往南京。为了避免素无军纪的凤阳兵骚扰百姓，路振飞和王燮戎服按剑，下令淮安义勇两岸排列，不许一舟停泊，不许一人上岸，又强留下船上的火器用来御敌。马士英更加恼怒。
南京有一位勋臣名叫朱国弼，是明英宗时封赐的功臣抚宁侯朱谦的七世孙，因属军功世家，崇祯帝命令他协助淮扬巡抚路振飞护卫漕运。但朱国弼见李自成的大顺军气势盛大，难以抵挡，从淮安府仓库里偷偷取出十多万两白银，就要撤离。
这可都是福建解往北京的饷银哪，因漕运阻断，暂时寄存在这里。路振飞据理力争，不让他带走，抚宁侯朱国弼气哼哼地置之不理。
回到南京，抚宁侯朱国弼就加入了拥戴朱由崧称帝的大合唱，竟因此晋爵为保国公，成了朱由崧身边的红人，他与马士英更是结成铁哥们，每天形影不离。
两人看到路振飞频频奏捷，威名日盛，心中嫉恨，于是决定共同排挤路振飞。他们给路振飞捏造的罪名叫做“糜饷”（浪费粮饷），强力推荐贵州人田仰来接替路振飞。
此议一出，淮人愤愤不平，纷纷为路巡抚鸣冤屈讨公道，群情激昂，詈骂权奸，几乎酿成一场激变。
而此时的路振飞也不想在淮安呆了，因为他的老母亲因病去世了，悲痛欲绝的路巡抚需要回家奔丧。六月十四日，路振飞与田仰草草交接，即日遂行，淮安的军民挽舟相送，哭声震天。
按照规定，路振飞应该回原籍为母亲守制三年，但家乡曲周（今河北省曲周县）已相继沦陷于大顺军和清军之手，路振飞无家可归，无奈只好“流寓苏州”。
不久，淮扬巡按王燮也被人推荐，挂都察院右签都御使衔，巡抚山东，淮安军民更加灰心丧气。
而这时的山东大部分州县都已归附满清，成为敌占区，山东巡抚王燮根本无法前往，只能空怀一腔报国热忱，在黄河岸边徘徊张望。
