闹得沸沸扬扬的“争国本”事件，是大臣和皇帝之间的一场旷日持久的拉锯战，在文武百官的力争下，直到万历二十九年（1601），年已20岁的朱常洛才勉强被册立为太子。
为了安慰郑贵妃，朱翊钧封郑贵妃的儿子朱常洵为福王，希望这个自己最疼爱的宝贝儿子一辈子都能幸福安康。
“国本”虽然争到了，但朱常洛的危机并没有结束，皇宫之内和朝廷之上的斗争仍在继续。
万历四十三年（1615），一个疯疯癫癫的男人，手持枣木棍，突然闯进太子朱常洛居住的慈宁宫，见人就打，一棍击倒了守门的太监。这就是轰动一时的“梃击案”。
这个疯子到底想干什么？背后有没有人主使？“梃击案”审了很长的时间，也没审出个结果，最后不了了之。
终于，万历皇帝朱翊钧驾鹤升天，朱常洛苦苦熬过了整整三十八年，得到了梦寐以求的皇帝宝座，但就在他即位第三十天的清晨，这位刚要展翅高飞的皇帝竟莫名其妙地去世了。
随后围绕短命皇帝朱常洛的突然死亡，皇宫里又发生了著名的“红丸案”和“移宫案”。“明季三案”使朝臣与郑贵妃母子之间的矛盾更加尖锐，很多东林人士坚持认为，三案的发生与郑贵妃及福王朱常洵不无关系。
后来，得势的九千岁魏忠贤为了专权，借“梃击红丸移宫“三案，组织手下人编篡了一部大作《三朝要典》，作为东林党人结党营私，挑拨皇室关系，诬陷福王，郑贵妃的罪证，妄图将朝廷之上的东林党人一网打尽。
从此，“三案”成为东林党人与阉党反复激烈较量的工具。
作为老福王朱常洵的长子，朱由崧是东林党人眼中的一粒沙子。
正是由于东林党人的不懈努力，万历皇帝朱翊钧和郑贵妃希望立爱子朱常洵为太子的图谋才最终化为泡影。他们担心，一旦朱由崧上台，势必重翻旧账，打击报复，东林党人是不会有好果子吃的！
东林党人的担心不能说全无道理。钱谦益，雷演祚两人曾经对兵部右侍郎吕大器说：“福王觊觎天位，几酿大祸，若立其子，势将修衅三案，视我辈为俎上肉。”
钱谦益，吕大器等东林党人借“立贤”名义阻止朱由崧出山，既有他们的私心，更有他们的恐惧和无奈。
