但是，在库斯科又是另一种情景。库斯科是仅次于利马的重要城市。在这里居住的人们中，阿尔马格罗集团的人数占据着压倒性的优势，所以，这个决定不但很容易得到了支持，而且，还得到了人们热烈地拥护。军队要求每个政府官员和工作人员对阿尔马格罗表忠心，如有不服者，当即免职，由那些愿意忠诚阿尔马格罗的人接替职务。所以，库斯科很快就由一批忠于阿尔马格罗的人担任着政府要职。
但是，这个城市里也有许多皮萨罗的忠诚人物。所以很快就有人把这件事向皮萨罗部下的一位叫阿尔瓦雷斯·德奥尔古因的将领报了信。阿尔瓦雷斯·德奥尔古因当时就驻扎在离库斯科不远的瓜曼加小镇。这里是利马到达库斯科的必经之路。阿尔瓦雷斯·德奥尔古因手下有二百五十多人，其中有骑兵100多人和步兵150多人。
他得知阿尔马格罗的智利帮官兵在库斯科只有几十人，便决定趁机进驻库斯科城。于是，他带领部队在一个清晨早上突然进入了库斯科城，并很快地控制了整个市区。然后，这位手握兵权的上尉先生，在印加广场上朝着市民和士兵们宣布，“阿尔马格罗所采取的各项强制政策都是非法的，阿尔马格罗所任命的所有官员和官职都是无效的。所以，我宣布废除阿尔马格罗所推行的所有政策，恢复埃尔南多·皮萨罗在执政期间所采取的各种规定，恢复埃尔南多·皮萨罗时期的政局，被阿尔马格罗集团剥夺的行政职务和官职必须要尽快地恢复。”
几乎是一夜之间，天地又变了个样子。皮萨罗时期掌权的人又重新恢复的职位。这座古老首府的旧秩序又重新得到了恢复。
但是，在这之前，皮萨罗的一位主要干将阿隆索·德阿尔瓦拉多已经将皮萨罗侯爵被杀害的消息写信告诉了那位尚未就任的牧师巴卡·德卡斯特罗，向他报告了秘鲁的严重事态，敦促他日夜兼程赶赴南方。这位阿隆索·德阿尔瓦拉多就是在阿班凯桥被老阿尔马格罗击败的那位将军。他正带领一支大约二百人的队伍驻扎在秘鲁的北方，这支队伍训练有素，不亚于这个国家里的任何其他部队。
巴卡·德卡斯特罗就是那位由西班牙国王派往秘鲁利马来调查和监督秘鲁总督皮萨罗侯爵的法官。他于1541年春天从哥伦比亚太平洋沿岸的布埃纳文图拉港乘“五月花号”大帆船前往利马。在到达通贝斯港后，他受到了皮萨罗侯爵派去的副官查维斯的迎接，可是，马上有两名身穿孝服的智利帮的士兵也来找他，并向他痛哭流涕地诉说了他们的首领阿尔马格罗将军被皮萨罗兄弟杀害以及他们的房屋和财产也都被皮萨罗兄弟没收和侵占。现在他们一无所有，无家可归，整天被皮萨罗兄弟们所欺侮，所压制，生活得连猪狗不如，所以，他们一直都在等待和期盼着国王所派的法官大人来调查和惩治皮萨罗兄弟，为阿尔马格罗将军和他的士兵们平反昭雪。
这位法官对皮萨罗兄弟杀害阿尔马格罗一事自然是完全知晓，因为已有许多回国的士兵整天围在王宫前面要求国王惩治皮萨罗兄弟，而且那位骑士迭戈·阿尔瓦拉多也已经向国王汇报了阿尔马格罗被杀一事，并向西班牙最高法院起诉了皮萨罗兄弟。正因为如此，国王才派遣他来利马调查此事，并对皮萨罗兄弟进行监督和调查。但是，为了事态的稳定，只能说他是来配合皮萨罗恢复印加帝国的安定。听过那两位智利帮士兵的哭诉，这位立场鲜明的法官当即就离开了查维斯为他找的旅店，坚持要和那两位士兵在一起。因为他决心要按照国王的旨意对皮萨罗兄弟们进行调查，限制和监督他们行使权力。
可是，他却忽视了这样做所具有的危险性。在乘船离开特鲁希略港口的那天夜里，他照常和两位从西班牙来的绅士在一起赌博，以消磨时光。可是，在他进到卫生间时，就遭到了突然袭击，有人用木棒将他击倒，并在他处在半昏迷状态之时将他从船上丢到了海里。如果不是被一些从秘鲁回国的士兵们发现，他肯定是没命了。也就在他落水之后，一只小船从他落水的海面上路过，发现他浮在水面上。船上有四五名从秘鲁回国的西班牙的士兵，看到水面上浮着一位西班牙人，人好像还没死，就把他救到了小船上。
他是第二天上午才从昏迷中清醒过来，因为伤得很重，他一直被船上的人照料着。他当然不知道自己是被谁所害，但他能清楚地记得是两名印第安人对他下的手。所以，他一直认为是印第安人出于对西班牙人的仇恨才对他下了毒手。这也加深了他对印第安人的仇恨。
几天之后，他感觉好多了，这时，小船已经过了通贝斯港，到达了瓜亚基尔港。他本来想在这里下船，可是，他犹豫再三，却没有下船，因为此时他的伤势尚未痊愈，而且，他也对行使这项重大的任务失去了信心，决定回国向国王请求不再前往秘鲁，因为那里充满了危险。可是，当小船继续向北行驶到了一个叫瓜比的地方。小船要在这里停留半天。也许是受到责任感和使命感的驱使，这位法官突然念头一闪，就在这里下了船，要去完成国王委派他的任务。
于是，他从瓜比下船沿着朝南的小路开始了令人疲倦的陆路行程。此地是位于现在的哥伦比亚的南方地区，与厄瓜多尔的北部接壤，是基多大王阿塔瓦尔帕带领基多大军深入基多北部进行征服和占领的地域。这里有个叫波帕扬的重镇，是印第安人的聚居区，也有着许多的西班牙移民和一些部队。当他来到了波帕扬，才得知那个令人震惊的皮萨罗死亡的消息。这使他感到自己的责任和使命更加地艰巨。
之后，他继续在那艰辛漫长的行程中赶路。他在这块土地上是个陌生人，对这个国家和所有的一切都几乎一无所知，也没有一支武装力量作他的后盾，甚至没有必须拥有的军事技术。但他有国王给他的任命书。这份任命书一直装在衣兜里。此外，他还有对这个陌生大陆进行整顿的坚定信心，还有他对国王的忠诚。这些似乎就是他战胜一切困难的精神力量。他独自沿着波帕扬通往基多的山间小路爬山涉水，日夜兼程。大概步行了一个来月，这位法官终于到达了北都基多。他了解到阿尔马格罗的官兵们通过暴乱和对皮萨罗总督的行刺夺取了政权，并且动用武力开始对皮萨罗在各个城市建立的政权进行颠覆和替换。于是，他便决定以总督的名誉，借助于皮萨罗的武装力量对阿尔马格罗的集团进行镇压。
